Google App Engine/Java (以下 GAE/J) にデプロイしたアプリケーションは、appspot.comドメインで、下記の様に公開されます。
http://アプリケーションID.appspot.com/
企業ユースの場合は特に、独自ドメインで公開したいのが普通ですね。 GAE/Jを独自ドメインで利用したい場合、Google Apps を申し込めば良いようです。早速挑戦してみました。
tdtshのブログ » Google App Engine / Java (GAE/J) で独自ドメイン (Google Apps側だけで設定)